 |
10X Genomics
10X Genomics 公司的 Chromium 系统利用 8 通道的微流体“双十字”交叉系统，将含 barcode 的凝胶珠（Gel Beads）、细胞和酶的混合物、油三者混合，形成 GEMs（油包水的微体系）。GEMs 形成后，细胞裂解，凝胶珠自动溶解释放大量 barcode 序列，随后 mRNA 逆转录产生带有 10X barcode 和 UMI 信息的 cDNA，构建标准测序文库，其中 10X barcode 用于区分细胞，UMI 用于区分 mRNA 分子。
图 10X genomics 技术原理
QY球友会生物提供：单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务，QY球友会生物单细胞转录组测序科研服务商，24 小时咨询服务热线：
1、通量高： 一张芯片具有 8 个独立的通道，可供 8 个样本同时上机，每个通道可捕获 10000 个细胞。
2、捕获率高： 单细胞捕获效率高达 65%，多细胞比例 <0.9%（1,000 个细胞中）。
3、延展性强： 除了获得单细胞 mRNA 的信息，还提供了单细胞 TCR/BCR、单细胞表面蛋白、单细胞 ATAC 等多种解决方案。
文库结构
图 10X Genomics 3’gene expression 文库示意图
QY球友会生物提供：单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务，QY球友会生物单细胞转录组测序科研服务商，24 小时咨询服务热线：
建议测序深度及参数
指标 | 参数 |
测序深度 | 50,000~100,000 reads/cell |
测序类型 | PE150 |
QY球友会生物提供：单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务，QY球友会生物单细胞转录组测序科研服务商，24 小时咨询服务热线：
1、类型：新鲜组织，原代细胞，细胞系等。
2、来源：血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。
3、样本量及其它质控要求：
| 样本类型 | 样本质控要求 |
| 细胞悬液 | >105 目标细胞个数（底限 10,000 个细胞）； |
| 活率 >80%； | |
| 浓度 500-1,000 个细胞 /ul； | |
| 细胞间无粘连（成团率 <5%）； | |
| 无大于 40μm 的细胞碎片或其他颗粒物； | |
| 不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。 | |
| 血液 | EDTA 抗凝的全血（不可肝素抗凝），>5ml。 |
| 组织 | 0.3cm×0.3cm（不超过 0.5cm×0.5cm）的新鲜组织，4～5 块。 |
4、保存运输：
（1）细胞悬液：建议现场制备，如要运输，建议使用QY球友会生物自主研发的单细胞保护液，4°C 运输，48 小时内送达QY球友会生物实验室。
（2）血液：EDTA 抗凝的全血，4°C 运输，2 小时内送达QY球友会生物实验室；或提取 PBMC 后冻存，干冰运输。
（3）组织：建议使用QY球友会生物自主研发的单细胞组织保护液，4°C 运输，48 小时内送达QY球友会生物实验室。
QY球友会生物提供：单细胞转录组测序、生信分析整体科研技术服务，QY球友会生物单细胞转录组测序科研服务商，24 小时咨询服务热线：
| 序号 | 文件类型 | 查阅 |
| 1 | ||
| 2 | ||
| 3 |
