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对于真核生物来说，在具备参考基因组的情况下，基于 Illumina HiSeq 平台的 mRNA 测序能够快速获得基因表达谱；基于测定的序列可以同时对 cSNP、可变剪接等转录本的序列及结构信息进行高精度地分析；另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。
样本处理：超过 200 种样本的 RNA 抽提经验；易降解样本、微量样本的抽提解决方案；
文库构建：兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力；
质控管理：ISO9001 认证，Illumina CSPro 认证；
数据分析：学术界权威的算法和流程；针对 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的整合分析；灵活的定制分析。
实验设计——样本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文库构建——测序——数据分析
样本类型：total RNA
样本总量：≥2μg
样本浓度：≥50 ng/ul
推荐数据量：≥6Gb/ 样本
案例一
曹雪涛研究团队研究发现 RNA 解螺旋酶 DDX 家族成员 DDX46 可以与干扰素转录本结合，并阻止其出核，致使干扰素转录本不能进入细胞质进行翻译，而在细胞核内大量累积，进而表现出 DD46 对天然免疫反应的负调控。DDX46 与干扰素的结合是通过与 RNA 去甲基化酶 ALKBH 作用实现的，DDX46 在抗病毒免疫反应中会招募大量的 ALKBH，ALKBH 能够清除干扰素转录本上的甲基化修饰。DDX46 与 ALKBH 共同作用，完成了对Ⅰ型抗病毒反应中干扰素转录本的 m6A 去甲基化并将其捕获于细胞核中，导致 IFN- β 表达显著减少，机体的天然免疫反应受到抑制。该研究提出了一种新的天然免疫与炎症调控机制，为病毒感染和炎症性疾病的防治提供了新的潜在靶标与思路，上海QY球友会生物助力完成了转录组可变剪接的分析部分。
▲敲除 DDX46 增强抗病毒天然免疫反应
原文出处：Zheng Q,Hou J,Zhou Y,Li Z,Cao X. The RNA helicase DDX46 inhibits innate immunity by entrapping m6A-demethylated adtiviraltranscripts in the nucleus. Nat Immunol.2017.
案例二
近年来我国的乳腺癌发病率持续上升，其中三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer,TNBC) 是恶性程度较高的一种乳腺癌亚型。TNBC 是指雌激素受体（ER)、孕激素受体（PR) 和人表皮生长因子受体 2(Her-2) 均为阴性。TNBC 侵袭力极强，远处转移风险大，预后极差。目前 TNBC 治疗以化疗为主，手段比较单一，极易复发和转移。与其他类型乳腺癌相比，内分泌治疗和分子靶向治疗对三阴性乳腺癌均无效。因此三阴性乳腺癌的诊断手段和个性化治疗选择是研究人员关注的重要问题。
上科院的研究人员通过 RNA-seq(由上海QY球友会生物提供技术服务）对三阴性乳腺癌（TNBC) 进行转录组学分析。研究发现 IL6 的高度异常表达以及 JAK2/STAT3 的持续活化可能是 TNBC 发生远端转移的重要原因。研究还发现是 Wwox 而非 SOCS3 在 TNBC 发生 IL6/JAK2/STAT3 信号通路持续活化过程起特异性抑制作用。一系列功能实验结果表明 Wwox 是通过与 JAK2 的结合来阻止 JAK2 和 STAT3 的磷酸化，从而降低 STAT3 的活性，进而抑制乳腺癌细胞的增殖和转移。进一步试验表明 Wwox 可以抑制 STAT3 结合到 IL- 6 启动子区域从而抑制 IL- 6 蛋白高表达。该研究证明了 Wwox 对肿瘤细胞 JAK2/STAT3 的高磷酸化和持续活化具有较强的抑制作用，Wwox 有望成为 TNBC 个体化治疗的新靶点。
Renxu Chang, Lele Song, Yi Xu. et al. Loss of Wwox drives metastasis in triple-negative breast cancer by JAK2/STAT3 axis. Nature Communications. 2018.
案例三
玉米一般指玉蜀黍（学名：Zea may L.），是禾本科、玉蜀黍属植物 。据国家统计局 2017 年公示数据，2017 年全国粮食总产量 12358 亿斤，其中玉米达 4318 亿斤，占据了粮食总产三分之一强。可见，玉米在我国的粮食安全中具有举足轻重的作用。玉米胚乳是主要的营养储存组织，是发育高度分化的组织。但是目前胚乳发育和营养代谢的调控网络仍然不是很清楚。
宋任涛教授以玉米经典籽粒突变体 opaque11 为研究对象，通过图位克隆，发现 O11 编码了胚乳特异的 bHLH 转录因子。通过 RNA-Seq（上海QY球友会提供）与 ChIP-Seq 分析，解析了 O11 的下游调控网络。结果发现 O11 不仅直接调控胚乳发育和营养代谢的关键转录因子，还直接调控 cyPPDKs 和多种碳水化合物代谢酶。研究筛选和鉴定到多个与 O11 直接互作的蛋白，其中 ZmICE1 和 O11 协同调控冷胁迫应答相关的基因以及植物发育中重要信号开关 ZmYODA。此外研究还发现，O11 作为关键调控因子，协调了胚乳细胞发育、储藏物代谢和逆境响应等生物学过程，是胚乳整体基因调控网络的核心调控节点。
Fan Feng, Weiwei Qi, Yuandan Lv. et al. Opaque11 Is a Central Hub of the Regulatory Network for Maize Endosperm Development and Nutrient Metabolism. Plant Cell. 2018.
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